萬級無菌室是一個系統的工程，也稱為空氣凈化工程。是在一定空間范圍內將空氣中的微粒子、有害空氣、細菌等排出，并將室內溫度、潔凈度、壓力控制在一定的范圍內的科學。隨著食品、電子、制藥、生物工程等行業的興起，無塵車間便發揮了重要的作用。

　　無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面1米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子。

　　當前無菌室多存在于微生物工廠，一般實驗室則使用超凈臺。超凈臺其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內的各種微小塵埃。通過電動裝置使空氣通過高效過濾器具后進入工作臺面，使臺面始終保持在流動無菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入。

　　在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。

　　無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。